据台媒报道，金门县政府于5月23日公告，要求自24日起搭机抵达金门的旅客必须提出3天内的新冠病毒核酸检验阴性报告，否则必须在机场当场快筛。若筛检结果为阳性医院就医。但这项快筛令未向指挥中心正式告知及提出申请，经指挥官陈时中亲自致电且多次沟通无效，台防疫指挥中心深夜发出新闻稿，宣布依照相关规定撤销。

指挥中心指出，对于金门希望入境者皆要有阴性证明或接受快筛，并非不可以。但依台湾地区现行相关规定，对岛内跨县市移动采取人员进出的管制作为，或要求民众强制普筛等，属全台一致性重要政策，应依台湾防疫指挥官指示办理。金门县政府若有地方防疫的特殊需求，应正式提出计划报请指挥中心，也可以在台防疫指挥中心每天上午与各县举行的防疫会议提出。

台湾防疫指挥中心声称，在此疫情严峻时刻，全台一致提高至三级警戒，陈时中再三强调“中央”与地方应“标准一致、说法一致、脚步一致”的防疫原则，甚至亲自致电沟通，要求金门县政府依规定提出申请但无效，于是依规定撤销。